Na terenie Arboretum znajdują się trzy urządzone stawy - Żabi, Cienisty i Szuwarowy, które prezentują liczne gatunki roślin wodnych i przybrzeżnych.
W Stawie Cienistym z powodu stromych brzegów nasadzono głównie rośliny wodne. Na wysepce rosną cieniolubne paprocie i azalie. W otoczeniu stawu nasadzono liczne byliny (ostatnia aktualizacja nasadzeń - 2019 rok) oraz rododendrony.
Staw Żabi o łagodnym brzegu obsadzony jest roślinami terenów podmokłych. Wzdłuż kładki nasadzono liczne byliny leśne i cieniolubne (aktualizacja nasadzeń - 2019 rok). Wokół stawu rosną rododendrony i liliowce.
Staw Szuwarowy znajduje się w północno-zachodniej części Arboretum i jest to najbardziej naturalistyczny ze stawów. Poza nasadzeniami wokół brzegu, samoczynnie w szuwarze pojawiły się takie gatunki jak karbieniec czy mięta wodna, które wzbogaciły różnorodność roślinności tego stawu. Na Stawie Szuwarowym zlokalizowane jest stanowisko edukacyjne "Koło młyńskie" prezentujące jeden z rodzajów energii odnawialnej.
Również w północno-zachodniej części znajdują się 3 stawy rybne, na których gospodaruje koło wędkarskie 'Obora'.